Aunque Álvaro Gómez, en su discurso de la repúblicas independientes, fue inspirador del primer bombardeo a las FARC, en 1964, esta guerrilla no estuvo entre las hipótesis de sus posibles asesinos.
La investigación hasta hoy estuvo orientada en tres sentidos: un supuesto complot de la mafia, otro de miembros de la inteligencia militar y/o el presidente Samper, que representaba el régimen que él criticaba en sus últimos discursos.