La JEP, como institución, también resultó enredada en la operación entrampamiento de la DEA y de la Fiscalía. Sin embargo es extraño es que aunque al inicio del lío Santrich, sus directivas fueron claras en su posición de independencia, ahora, cuando tres de sus magistrados están siendo atacados, han permanecido en silencio.
Los abogados contratados por la JEP para defender la honra y buen nombre de esa entidad, terminaron actuando de manera extraña, como si fueran caballos de Troya de la Fiscalía contra la jurisdicción de paz.