En contraste con los duros ataques que recibió la jurisdicción especial para la paz en Colombia, de la derecha política, por la apertura de investigación sobre 6.000 falsos positivos, los organismos internacionales de derechos humanos elogiaron esta decisión.
La alta comisionada de Naciones Unidas para los Derechos Humanos fue enfática en su declaración de respaldo a la JEP, lo mismo que la influyente ong Human Rights Watch.