Al comandante del Ejército, general Eduardo Zapateiro, la Fiscalía le tiene abierta una investigación por el delito de peculado, que se guarda en la delegada séptima ante la Corte Suprema en el más absoluto secreto.
La investigación a él y a dos de sus subalternos inmediatos en la época en que era comandante de la Quinta Brigada en Bucaramanga tiene que ver con el destino de los dineros que empresas privadas pagaban a sus batallones Ejército por su acompañamiento escoltado de materiales explosivos.