En la investigación de la Fiscalía llamada Operación Perla Negra se investiga la existencia de una organización de extorsionistas compuesta presuntamente por el exnarcotraficante alias Carlos Ramón Zapata con altos funcionarios de esa entidad.
En documentos de ese expediente publicados por Noticias Uno se mencionan los nombres y cargos de fiscales e investigadores del CTI. Varios de ellos pidieron certificar su vinculación o rectificar la inclusión de sus identidades en el proceso.